Organi udruženja "Centar za devojke" su Skupština, Savet, Programsko – koordinaciono telo i koordinatorke projekata.
Skupštinu čine sve članice Centra za devojke .
Savet se sastoji od pet članica. Ovaj organ je nezavistan u svom radu u odnosu na ostale organe udruženja i ima kontrolu nad radom svih ostalih organa. Rad Saveta se ne plaća.
Savet Centra za devojke čine:
Programsko – koordinaciono telo je izvršni organ udruženja, koji se stara o sprovođenju ciljeva Udruženja. Programsko – koordinaciono telo čine četiri koordinatorke: